バイオ/医学に関する詳細かつ信頼性の高い研究

このプロセスの核心は次のとおりです。まず、複数のクエリを使用して PubMed/NCBI E-utilities で再現可能な初期スクリーニングを実行し、次に PMID を使用して重複排除と抄録のエビデンス評価を行います。少数の重要な文書のみが PMC/BioC の全文レビューに進みます。本文中の引用はクリック可能でなければなりません。完全な書誌情報は記事の末尾に記載する必要があります。インパクトファクター (IF) は、公開されている情報源を通じてのみ保守的にチェックでき、JCR やローカルデータベースがあると想定したり、推測したりすることはできません。また、信頼性の低い一致を確定的な結果として扱うことはできません。

1. ユーザーが検索を開始した後の前処理

1.1 まず、ユーザーの質問を分析します。

ユーザーからの質問を受け取ると、まず自然言語の質問が構造化された要素に分解されます。

識別する必要がある：

・研究対象：遺伝子、タンパク質、薬剤、チャネル、細胞の種類、組織、疾患、モデル。

・生物システム：ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、オルガノイド、網膜、脳領域、細胞株など

• 関係の種類: 発現、調節、機能、メカニズム、表現型、死、生存、治療、毒性、発達、変性など。

・証拠要件：直接証拠、作用機序証拠、全文証拠、図表、投与量パラメータ、実験方法が必要かどうか。

• 期間範囲：無制限、過去5年間、過去1年間、最新の動向、古典文学。

・出力タイプ：短い回答、代表的な文献、レビューの要約、実験計画の提案、証拠表、メカニズム図。

例：

ユーザーの問題:

「網膜オルガノイドの死に関する文献を探すのを手伝ってください。」

構造化分解（例）：

・コアモデル：網膜オルガノイド、網膜オルガノイド、hPSC由来網膜オルガノイド、眼杯オルガノイド。

・表現型：細胞死、アポトーシス、変性、生存率低下、ストレス、壊死。

• 関連細胞：光受容体、錐体細胞、桿体細胞、網膜神経節細胞、ミュラーグリア細胞。

・考えられるメカニズム：酸化ストレス、ERストレス、ミトコンドリア機能障害、低酸素症、炎症、フェロトーシス、ネクロトーシス。

・エビデンスの目的：ヒトまたは動物の網膜オルガノイドにおける細胞死／アポトーシス／変性を直接観察した原著論文を優先し、次に間接的なメカニズムに関する文献を探す。

1.2 キーワードセグメンテーションの原則（例）

検索クエリは1つだけに留めず、各概念につき少なくとも3つのカテゴリの用語を用意してください。

カテゴリー1：正確な言葉。

・網膜オルガノイド

・網膜オルガノイド

・ヒト網膜オルガノイド

• hPSC由来の網膜オルガノイド

・iPSC由来網膜オルガノイド

2つ目のカテゴリー：同義語と上位語。

・眼杯オルガノイド

・3D網膜培養

・幹細胞由来網膜

・網膜分化

・網膜組織モデル

3つ目のカテゴリー：メカニズムと表現型に関する用語。

・アポトーシス

・細胞死

・変性

・生存

• ストレス

・酸化ストレス

・ERストレス

・ミトコンドリア機能障害

・低酸素症

・ネクロトーシス

・フェロトーシス

ユーザーがセルタイプを指定した場合、以下を追加します。

・光受容体

・円錐

• ロッド

・網膜神経節細胞

・ミュラーグリア

・双極細胞

・アマクリン細胞

ユーザーが種または原産地を指定した場合、以下を追加する。

• 人間

• ねずみ

• ねずみ

・ゼブラフィッシュ

• hESC

• iPSC

・多能性幹細胞

1.3 階層型検索クエリの生成

少なくとも3～6個のクエリを作成してください。各クエリは検索目的に対応します。

第一段階：直接的な証拠収集。

対象モデルおよび対象表現型に直接一致する文献を検索するために使用されます。

「`テキスト」

（「網膜オルガノイド」または「網膜オルガノイド」または「ヒト網膜オルガノイド」）AND（アポトーシスまたは「細胞死」または変性）

「`」

第2層：拡張モデル検索。

著者が「網膜オルガノイド」という正確な用語を使用していないものの、実際には関連性のある文献を収集するために使用されます。

「`テキスト」

（「視神経杯オルガノイド」または「3D網膜培養」または「幹細胞由来網膜」）かつ（生存またはアポトーシスまたはストレス）

「`」

第3層：メカニズムに特化した検索。

特定の経路やメカニズムを検証するために使用される。

「`テキスト」

（「網膜オルガノイド」または「網膜オルガノイド」）AND（「酸化ストレス」または「ERストレス」または低酸素症またはミトコンドリア）

「`」

第4層：細胞型に特化した検索。

```テキスト

（「網膜オルガノイド」または「網膜オルガノイド」）かつ（光受容体または錐体または桿体または「網膜神経節細胞」）かつ（死またはアポトーシスまたは変性）

「`」

第5層：疾患モデルの検索。

```テキスト

（「網膜オルガノイド」または「網膜オルガノイド」）かつ（疾患または変性またはジストロフィーまたは網膜炎または緑内障）

「`」

第6層：レビュー／背景調査。

```テキスト

（「網膜オルガノイド」または「網膜オルガノイド」）AND（レビューまたはプロトコルまたはモデル）

「`」

2. 検索にはどのような方法とウェブサイトが使用されましたか？

2.1 推奨：PubMed / NCBI E-utilities

PubMedは生物医学文献の検索に最適なツールです。PubMedのページをスクレイピングするのではなく、NCBI E-utilities APIを使用してください。

2.1.1 ESearch: クエリを使用したPMIDの取得

インタフェース：

```テキスト

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

「`」

パラメータ:

```テキスト

db=pubmed

用語=<検索語>

retmode=json

retmax=20

並べ替え=関連性

「`」

時間順に並べ替えることもできます。

```テキスト

ソート=公開日

「`」

例：

```テキスト

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance

「`」

返答から読み取ってください。

```テキスト

esearchresult.idlist

「`」

これはPMIDリストです。

2.1.2 要約：文献メタデータの取得

インタフェース：

```テキスト

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

「`」

パラメータ:

```テキスト

db=pubmed

id=PMID1、PMID2、PMID3

retmode=json

「`」

抽出されたフィールド:

• PMID

• タイトル

• フルジャーナル名

• 出典/ジャーナルの略称

• 公開日

• 著者

・記事IDに含まれるDOIとPMCID

・巻号、ページ

2.1.3 EFetch: サマリーとXML詳細の取得

インタフェース：

```テキスト

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

「`」

パラメータ:

```テキスト

db=pubmed

id=PMID1、PMID2

retmode=xml

rettype=abstract

「`」

抽出されたフィールド:

• 記事タイトル

• 要約テキスト

• 雑誌名

• ISO略語

• ISSN / eISSN

• 発行日

• DOI

• PMCID

• メッシュ用語

2.1.4 バッチ取得戦略

推奨される手順：

1. 各クエリに対してESearchを呼び出す。

2. 各クエリに対して、最初の5～20件の結果を選択します。

3. すべてのPMIDを統合する。

4. PMIDを使用して重複を削除します。

5. ESummary / EFetch を使用して、メタデータと抽象データをバッチ処理で取得します。

6. 初期スクリーニング段階では、メタデータと要約のみを読み、全文を読むことから始めないでください。

────────────────

2.2 第2段階：PMC/BioC文書の全面的なレビュー

全文が掲載されるのは、以下のいずれかのケースに限ります。

・ユーザーは全文を注意深く読むよう求めている。

・要約だけではメカニズムを特定するには不十分である。

• 図表、実験方法、濃度、投与量、IC50、EC50、Kd、およびKiが必要です。

・少数の重要なPMIDが特定されており、個別に検討する必要がある。

2.2.1 PMIDからPMCIDへの変換

インタフェース：

```テキスト

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=&format=json

「`」

PMCIDが返された場合、PMCがオープンフルテキストを提供している可能性があることを意味します。

2.2.2 BioC JSONの優先順位付け

インタフェース：

```テキスト

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json//unicode

「`」

利点：構造がしっかりしており、本文の段落を抽出するのに適している。

2.2.3 BioCが利用できない場合はPMC XMLを試す

インタフェース：

```テキスト

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles//?report=xml

「`」

メインテキスト抽出時にスキップする:

• 参考文献

・参考文献

謝辞

• 著者の貢献

・競合する利害関係

全文レビューには停止基準を含める必要があります。

・各書類は一度だけスキャンされます。

・デフォルトでは、質問に関連する段落のみが抽出されます。

・対象フィールドが一致しない場合は、「直接的な証拠は見つかりませんでした」とマークします。

・キーワードを繰り返しスクレイピングすることは避けてください。

────────────────

2.3 bioRxiv / medRxiv

最新のプレプリントを補足するために使用されます。

公式APIを使用できます。

```テキスト

https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

「`」

通常の検索を補助的に使用することもできます。

```テキスト

サイト:biorxiv.org 網膜オルガノイドのアポトーシス

サイト:medrxiv.org 網膜オルガノイド変性

「`」

プレプリントには以下のラベルを貼付する必要があります。

```テキスト

これはプレプリントであり、査読は受けていません。

「`」

────────────────

2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall

DOI、オープンフルテキストアドレス、および出版情報を補完するために使用されます。

相互参照:

```テキスト

https://api.crossref.org/works?query.title=