Il fulcro di questo processo è: in primo luogo, utilizzare query multiple per eseguire uno screening iniziale riproducibile in PubMed/NCBI E-utilities, quindi utilizzare PMID per la deduplicazione e la valutazione delle prove degli abstract; solo un piccolo numero di documenti chiave entra nella revisione del testo completo di PMC/BioC; le citazioni nel testo devono essere cliccabili; le informazioni bibliografiche complete devono essere elencate alla fine dell'articolo; l'Impact Factor può essere verificato solo in modo conservativo attraverso fonti accessibili al pubblico e non si può presumere che abbia JCR o database locali, non può essere ipotizzato e le corrispondenze a bassa affidabilità non possono essere considerate risultati definitivi.

1. Pre-elaborazione successiva all'avvio di una ricerca da parte dell'utente

1.1 Innanzitutto, analizza la domanda dell'utente.

Dopo aver ricevuto la domanda dell'utente, la domanda in linguaggio naturale viene innanzitutto scomposta in elementi strutturati.

Deve essere identificato:

• Argomenti di ricerca: geni, proteine, farmaci, canali ionici, tipi cellulari, tessuti, malattie e modelli.

• Sistemi biologici: esseri umani, topi, ratti, pesci zebra, organoidi, retina, regioni cerebrali, linee cellulari, ecc.

• Tipi di relazioni: espressione, regolazione, funzione, meccanismo, fenotipo, morte, sopravvivenza, trattamento, tossicità, sviluppo, degenerazione, ecc.

• Requisiti delle prove: se sono necessarie prove dirette, prove meccanicistiche, prove a testo completo, grafici, parametri di dosaggio e metodi sperimentali.

• Intervallo temporale: tempo illimitato, gli ultimi 5 anni, l'ultimo anno, gli ultimi sviluppi e la letteratura classica.

• Tipologie di output: risposta breve, letteratura rappresentativa, riassunto della revisione, suggerimenti per la progettazione sperimentale, tabella delle evidenze, diagramma del meccanismo.

Esempio:

Problema riscontrato dall'utente:

"Vi prego di aiutarmi a trovare della letteratura scientifica relativa alla morte degli organoidi retinici."

Decomposizione strutturata (esempio):

• Modelli principali: organoide retinico, organoide della retina, organoide retinico derivato da hPSC, organoide della coppa ottica.

• Fenotipo: morte cellulare, apoptosi, degenerazione, perdita di sopravvivenza, stress, necrosi.

• Cellule correlate: fotorecettore, cono, bastoncello, cellula gangliare della retina, glia di Müller.

• Possibili meccanismi: stress ossidativo, stress del reticolo endoplasmatico, disfunzione mitocondriale, ipossia, infiammazione, ferroptosi, necroptosi.

• Obiettivi di ricerca: dare priorità agli studi originali che osservano direttamente la morte cellulare/apoptosi/degenerazione negli organoidi retinici umani o animali; quindi cercare la letteratura sui meccanismi indiretti.

1.2 Principi di segmentazione per parole chiave (Esempio)

Non limitarti a scrivere una sola query di ricerca. Prepara almeno tre categorie di termini per ogni concetto.

Categoria 1: Parole precise.

• organoide retinico

• organoide retinico

• organoide retinico umano

• Organoide retinico derivato da hPSC

• Organoide retinico derivato da iPSC

La seconda categoria: sinonimi e iperonimi.

• organoide della coppa ottica

• Coltura retinica 3D

• retina derivata da cellule staminali

• differenziazione retinica

• modello di tessuto retinico

La terza categoria: meccanismi e termini fenotipici.

• apoptosi

• morte cellulare

• degenerazione

• sopravvivenza

• stress

• stress ossidativo

• Stress del reticolo endoplasmatico

• disfunzione mitocondriale

• ipossia

• necroptosi

• ferroptosi

Se l'utente specifica il tipo di cella, aggiungere:

• fotorecettore

• cono

• asta

• cellula gangliare retinica

• Glia di Müller

• cellula bipolare

• cellula amacrina

Se l'utente specifica la specie o l'origine, aggiungere:

• umano

• topo

• ratto

• pesce zebra

• hESC

• cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC)

• cellula staminale pluripotente

1.3 Generazione di query di ricerca gerarchiche

Genera almeno 3-6 query. Ogni query corrisponde a un obiettivo di ricerca.

Primo livello: Recupero diretto delle prove.

Utilizzato per trovare la letteratura che corrisponde direttamente al modello e al fenotipo di riferimento.

```testo

("organoide retinico" O "organoide retinico" O "organoide retinico umano") E (apoptosi O "morte cellulare" O degenerazione)

```

Secondo livello: Recupero esteso del modello.

Utilizzato per indicare la letteratura in cui l'autore non usa il termine preciso "organoide retinico", ma che è comunque pertinente.

```testo

("organoide della coppa ottica" OPPURE "coltura retinica 3D" OPPURE "retina derivata da cellule staminali") E (sopravvivenza OPPURE apoptosi OPPURE stress)

```

Il terzo livello: la ricerca specifica del meccanismo.

Utilizzato per verificare percorsi o meccanismi specifici.

```testo

("organoide retinico" O "organoide retinico") E ("stress ossidativo" O "stress del reticolo endoplasmatico" O ipossia O mitocondri)

```

Quarto livello: ricerca specifica per tipo di cellula.

```testo

("organoide retinico" O "organoide retinico") E (fotorecettore O cono O bastoncello O "cellula gangliare retinica") E (morte O apoptosi O degenerazione)

```

Quinto livello: recupero del modello di malattia.

```testo

("organoide retinico" O "organoide retinico") E (malattia O degenerazione O distrofia O retinite O glaucoma)

```

Sesto livello: Revisione/ricerca preliminare.

```testo

("organoide retinico" O "organoide retinico") E (revisione O protocollo O modello)

```

2. Quali metodi e siti web sono stati utilizzati per la ricerca?

2.1 Preferito: PubMed / Servizi elettronici NCBI

PubMed è lo strumento preferito per la ricerca nella letteratura biomedica. Non affidatevi esclusivamente allo scraping delle pagine di PubMed. Utilizzate invece l'API NCBI E-utilities.

2.1.1 ESearch: Recupero del PMID tramite una query

interfaccia:

```testo

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

```

parametro:

```testo

database=pubmed

termine=

retmode=json

retmax=20

ordinamento=pertinenza

```

È possibile ordinare anche per periodo di tempo:

```testo

sort=pub+date

```

Esempio:

```testo

Italiano: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance

```

Leggi il resoconto:

```testo

esearchresult.idlist

```

Questo è l'elenco PMID.

2.1.2 Riepilogo: Acquisizione dei metadati della letteratura

interfaccia:

```testo

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

```

parametro:

```testo

database=pubmed

id=PMID1,PMID2,PMID3

retmode=json

```

Campi estratti:

• PMID

• titolo

• nome completo della rivista

• abbreviazione della fonte/rivista

• data di pubblicazione

• autori

• DOI e PMCID negli articoli

• volume, numero, pagine

2.1.3 EFetch: Recupero del riepilogo e dei dettagli XML

interfaccia:

```testo

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

```

parametro:

```testo

DB=pubmed

id=PMID1,PMID2

retmode=xml

rettype=abstract

```

Campi estratti:

• Titolo dell'articolo

• Testo astratto

• Titolo della rivista

• Abbreviazione ISO

• ISSN / eISSN

• Data di pubblicazione

• DOI

• PMCID

• Termini MeSH

2.1.4 Strategia di recupero batch

Procedura consigliata:

1. Richiamare ESearch per ogni query.

2. Per ogni query, seleziona i primi 5-20 risultati.

3. Unire tutti i PMID.

4. Utilizzare PMID per rimuovere i duplicati.

5. Utilizzare ESummary/EFetch per recuperare metadati e dati astratti in batch.

6. Nella fase di screening iniziale, leggere solo i metadati e l'abstract; non iniziare leggendo il testo completo.

────────────────

2.2 Seconda fase: revisione completa dei documenti PMC/BioC

Il testo completo verrà incluso solo nei seguenti casi:

• Gli utenti chiedono di leggere attentamente il testo completo.

• L'abstract non è sufficiente a determinare il meccanismo.

• Richiede grafici, metodi sperimentali, concentrazioni, dosaggi, IC50, EC50, Kd e Ki.

• È stato identificato un piccolo numero di PMID chiave che richiedono una revisione caso per caso.

2.2.1 Da PMID a PMCID

interfaccia:

```testo

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=&format=json

```

Se viene restituito PMCID, significa che PMC potrebbe avere accesso al testo completo.

2.2.2 Assegnare priorità ai file JSON di BioC

interfaccia:

```testo

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json//unicode

```

Vantaggi: Altamente strutturato, adatto all'estrazione dei paragrafi principali del testo.

2.2.3 Prova PMC XML quando BioC non è disponibile

interfaccia:

```testo

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles//?report=xml

```

Salta durante l'estrazione del testo principale:

• riferimenti

• bibliografia

• Ringraziamenti

• contributi dell'autore

• interessi concorrenti

La revisione del testo completo deve includere un criterio di arresto:

• Ogni documento viene scansionato una sola volta.

• Per impostazione predefinita, vengono estratti solo i paragrafi relativi alla domanda.

• Se il campo di destinazione non corrisponde, contrassegnarlo come "Nessuna prova diretta trovata".

• Evitare di estrarre ripetutamente le parole chiave.

────────────────

2.3 bioRxiv / medRxiv

Utilizzato per integrare le ultime versioni preliminari.

È possibile utilizzare l'API ufficiale:

```testo

https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

```

È possibile utilizzare anche una ricerca standard come complemento:

```testo

sito:biorxiv.org apoptosi degli organoidi retinici

sito:medrxiv.org degenerazione organoide della retina

```

I preprint devono essere etichettati:

```testo

Si tratta di una versione preliminare e non è stata sottoposta a revisione paritaria.

```

────────────────

2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall

Utilizzato per completare il DOI, l'indirizzo per aprire il testo completo e le informazioni sulla pubblicazione.

Crossref:

```testo

https://api.crossref.org/works?query.title=<title>

```

OpenAlex:

```testo

https://api.openalex.org/works?search=

```

Unpaywall:

```testo

https://api.unpaywall.org/v2/?email=

```

utilizzo:

• Completamento del DOI.

• Ricerca di link PDF ad accesso aperto.

• Verifica del nome della rivista.

• Verifica dell'anno di pubblicazione.

────────────────

2.5 Pagina dell'editore

Accedi alla pagina dell'editore solo se le informazioni API sono insufficienti.

Regole di accesso:

• Ogni URL dell'editore verrà tentato una sola volta.

• Se riscontri CAPTCHA, problemi di accesso, Cloudflare, accesso negato o barriere di accesso istituzionali, interrompi immediatamente.

• Evita di aggiornare ripetutamente la pagina, di cambiare percorso all'interno dello stesso sito o di rimanere in un ciclo infinito.

• Utilizzare PubMed, PMC, Crossref, OpenAlex, Unpaywall e i metadati DOI come alternativa.

3. Come organizzare le informazioni dopo il recupero

3.1 Stabilire una struttura di registrazione unificata

Ciascun documento viene raccolto in un record unificato.

Campi:

```testo

pmid

doi

pappagallo

titolo

autori

diario

abbreviazione di rivista

ISSN

eissn

anno

astratto

origine_di_query

livello di evidenza

etichette di evidenza

tipo di carta

URL

```

3.2 Deduplicazione

Priorità:

1. Deduplicazione del PMID.

2. Utilizzare il DOI per rimuovere i duplicati se il PMID non è disponibile.

3. Se non è presente un DOI, utilizzare lower(title) + year + first_author per rimuovere i duplicati.

Conserva la query_source che è stata raggiunta la prima volta e registra quali query hanno raggiunto il documento.

3.3 Classificazione delle prove

È necessario distinguere:

Prove dirette:

La specie bersaglio, il tessuto, il tipo di cellula, il modello e le condizioni di trattamento vengono abbinati direttamente.

Prove indirette:

Sistemi adiacenti, modelli simili e meccanismi analoghi sono supportati, ma non costituiscono sistemi diretti per la risoluzione dei problemi degli utenti.

Non sono state trovate prove dirette:

Si possono trovare solo informazioni di base, speculazioni, recensioni o modelli correlati; non ci sono risultati sperimentali diretti.

3.4 Etichettatura del tipo di documento

Almeno quanto segue andrebbe notato:

• ricerca originale

• revisione

• protocollo

• preprint

• set di dati/risorsa

• studio clinico

• documento metodologico

3.5 Regole di ordinamento

Ordinamento consigliato:

1. Ricerca originale con prove dirette.

2. Ricerca sui meccanismi chiave.

3. Le più recenti ricerche importanti.

4. Studi fondamentali classici.

5. Recensione di alta qualità.

6. Prove indirette.

Non basate la vostra selezione esclusivamente sull'Impact Factor (IF). L'IF è un indicatore a livello di rivista e non corrisponde alla qualità del singolo articolo.

4. Come organizzare le citazioni in una risposta

4.1 Formato di citazione del testo

Tutte le citazioni nel testo devono essere cliccabili.

Formato:

```markdown

[[1. **Rivista**, Anno]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

```

Esempio:

```markdown

Studi precedenti hanno osservato stress e degenerazione dei fotorecettori correlati allo stadio di sviluppo negli organoidi retinici umani [[1. **Cell Stem Cell**, 2019]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/xxxxxxx/).

```

Non scriverlo in questo modo:

```testo

[1]

(PMID: xxxxx)

Vedi riferimento 1

```

4.2 Struttura di risposta consigliata

Primo paragrafo: Conclusione diretta.

```testo

Conclusione: sono state pubblicate segnalazioni pertinenti, ma le prove dirette si concentrano principalmente su...; mancano ancora prove dirette riguardanti...

```

Secondo paragrafo: Classificazione delle prove.

```testo

Prove dirette:

- Riferimento A: ...

Prove indirette:

- Riferimento B: ...

Non sono state trovate prove dirette:

- Non trovato in questo giro...

```

Terzo paragrafo: Riepilogo del meccanismo.

Raggruppa per argomento, ad esempio:

• via apoptotica/caspasi

• stress ossidativo

• disfunzione mitocondriale

• Stress del reticolo endoplasmatico

• ipossia/stress metabolico

• infiammazione

• disallineamento dello sviluppo

Quarto paragrafo: Lacuna nella ricerca.

Indicare chiaramente quali questioni non dispongono di prove dirette.

Quinto paragrafo: Ispirazione tratta dall'esperimento.

Se l'utente necessita di un progetto sperimentale, deve fornire il marcatore, il test, il punto temporale e il controllo.

5. Elenco completo delle fonti bibliografiche alla fine dell'articolo

Se nel testo viene citato un riferimento specifico, è necessario allegare un elenco completo alla fine dell'articolo.

Formato:

```markdown

## Elenco completo delle informazioni di riferimento

1. Smith J et al., **Nome della rivista** (2021), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF＝X，Qn}*

2. Wang X et al., **Nome della rivista** (2022), [DOI: 10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx). *{IF=Da verificare}*

```

Formato immagine:

• 1–3 autori: Elencarli tutti.

• Più di 3 autori: Primo autore e altri.

Il PMID / DOI / URL deve essere cliccabile.

6. Verifica e etichettatura IF

6.1 Innanzitutto, spieghiamo i limiti pratici dei controlli IF.

Normalmente, il fattore di impatto ufficiale di una rivista proviene da Clarivate Journal Citation Reports (JCR). Tuttavia, gli enti esterni in genere non dispongono di un account Clarivate/JCR o di una tabella JCR locale, quindi è sconsigliabile verificarlo tramite questo canale.

```

6.2 Metodi pratici per l'utilizzo delle competenze IF

Percorso principale:

1. Se l'input è PMID, utilizzare innanzitutto NCBI E-utilities per ottenere i metadati PubMed.

- Recupera il nome completo della rivista. - Recupera l'abbreviazione sorgente/ISO. - Recupera l'ISSN/eISSN. - Recupera i campi ausiliari come titolo, anno e DOI.

2. Utilizzare l'interfaccia JSON mobile iikx/iscience, disponibile pubblicamente, per interrogare le riviste.

API di ricerca:

```testo

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci&c=index&a=info&keyword=

```

Dettagli API:

```testo

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci/index/detail&id=&classid=

```

3. Eseguire una corrispondenza conservativa sui risultati della ricerca.

- Dà priorità alle corrispondenze esatte dei titoli delle riviste normalizzati. - In secondo luogo, dà priorità alle corrispondenze esatte delle abbreviazioni. - Presta molta attenzione ai termini brevi e generici. - Non accetta evidenti discrepanze nelle sottostringhe, come ad esempio la corrispondenza errata tra "Nature" e la serie "Nature Reviews". - Restituisce risultati ambigui/non trovati se la corrispondenza è instabile, anziché procedere per tentativi.

4. Se PubMed fornisce un'abbreviazione, prova ad espanderla al nome completo o al titolo alternativo utilizzando il catalogo NLM.

L'interfaccia di ricerca del catalogo NLM rimane NCBI E-utilities:

```testo

Italiano: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nlmcatalog&term=[Abbreviazione del titolo]&retmode=xml&retmax=1

```

Quindi usa ESummary per ottenere il titolo / il titolo alternativo.

5. Leggere i risultati dettagliati di iikx:

- Fattore di impatto. - Anno IF. - Quartile JCR. - Quartile CAS/CAS, se applicabile. - URL di origine. - Affidabilità della corrispondenza.

6. Non includere l'anno IF nel testo principale durante l'annotazione; utilizzare annotazioni compatte.

L'annotazione finale dovrebbe solo indicare:

```testo

*{SE = X, Qn}*

```

Se non funziona:

```testo

*{IF=Verifica in corso}*

```

O:

```testo

*{IF=Non rilevato}*

```

6.3 Passaggi specifici

Eseguire la seguente procedura per ciascun documento.

Passaggio 1: Preparare il nome per la ricerca nella rivista.

Dare priorità al recupero dei metadati da PubMed:

```testo

Nome completo della rivista

Abbreviazione ISO / Fonte

ISSN

eISSN

```

Se è disponibile solo un DOI, utilizzare innanzitutto Crossref o OpenAlex per ottenere il nome della rivista.

Crossref:

```testo

https://api.crossref.org/works/

```

OpenAlex:

```testo

https://api.openalex.org/works/https://doi.org/

```

Fase 2: Standardizzare i nomi delle riviste.

Regole di standardizzazione:

• Tutto in minuscolo.

• Codifica HTML.

• Sostituire & con and.

• Rimuovere la punteggiatura.

• Unire più spazi.

• Quando si effettuano confronti, è possibile utilizzare anche la forma compatta, che elimina tutti gli spazi.

Esempio di pseudocodice:

Pitone

import re, html

norma(e) di riferimento:

s = html.unescape(s o '').lower()

s = re.sub(r'&', ' e ', s)

s = re.sub(r'[^a-z0-9]+', ' ', s)

restituisci re.sub(r'\s+', ' ', s).strip()

def compact(s):

restituisci norma(s).sostituisci(' ', '')

```

Passaggio 3: Interrogare l'interfaccia di ricerca di iikx.

```testo

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci&c=index&a=info&keyword=

```

Si consiglia di impostare uno User-Agent, ad esempio:

```testo

Mozilla/5.0

```

Se nella prima pagina non viene trovata una corrispondenza esatta, è possibile sfogliare un numero limitato di pagine, ad esempio fino a 8 pagine.

I parametri per il cambio pagina sono generalmente i seguenti:

```testo

pagina=2

pagina=3

```

Passaggio 4: Selezionare i candidati dai risultati della ricerca.

I campi di candidatura tipici includono:

```testo

id

classificato

titolo

titolo piccolo

IF o IF2024

zky2020

URL

```

Regole di abbinamento:

• Se compact(query) == compact(candidate.title), accetta.

• Se norm(query) == norm(candidate.title), accetta.

• Se compact(query) == compact(candidate.smalltitle), accetta.

• Se norm(query) == norm(candidate.smalltitle), accetta.

• Non accettare una sottostringa a meno che la query non sia sufficientemente lunga e non ambigua.

• Prestare particolare attenzione alle parole brevi come Natura, Scienza, Cellula, Cervello, Vista e Retina.

Passaggio 5: Se non viene trovata alcuna corrispondenza, utilizzare l'abbreviazione estesa del catalogo NLM.

Ad esempio, in PubMed, la fonte è:

```testo

Biomedicina dei Radicali Liberi

```

Puoi controllare:

```testo

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nlmcatalog&term=Free%20Radic%20Biol%20Med%5BTitle%20Abbreviation%5D&retmode=xml&retmax=1

```

Dopo aver ottenuto l'ID del catalogo NLM, utilizzarlo nel modo seguente:

```testo

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=nlmcatalog&id=&retmode=xml

```

Leggere:

```testo

Titolo

Titolo alternativo

```

Quindi usa questi nomi completi per cercare iikx.

Passaggio 6: Verificare l'interfaccia dei dettagli di iikx.

Se i risultati della ricerca contengono:

```testo

id=

classid=

```

Chiamata:

```testo

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci/index/detail&id=&classid=

```

Leggi attentamente i dettagli:

```testo

IF2024, IF2023, IF2022 ...

SE

zky2020 o altri campi del quartile JCR

jcr22 / jcr12 o campo di partizione

ISSN

eissn

titolo

titolo piccolo

categoria

```

Passaggio 7: Selezionare l'istruzione IF più recente.

Cerca nei campi restituiti tutte le occorrenze del modulo:

```testo

IF20xx

```

Per esempio:

```testo

IF2024

IF2023

IF2022

```

Scegli l'anno con la cifra significativa più alta.

Se IF20xx non è presente, tentare di leggere:

```testo

SE

valore se

```

Se non viene trovato alcun valore valido, viene contrassegnato come non rilevato.

Passaggio 8: Visualizzare il livello di confidenza e l'etichetta.

Se il titolo/abbreviazione corrisponde esattamente e il dettaglio restituisce un IF valido:

```testo

*{SE = X, Qn}*

```

Se l'esito della partita è incerto:

```testo

*{IF=Verifica in corso}*

```

Se l'API pubblica non restituisce risultati:

```testo

*{IF=Non rilevato}*

```

6.4 Formato di annotazione IF

Formato fisso:

```testo

*{SE = X, Qn}*

```

Esempio:

```markdown

Smith J et al., **Neuron** (2020), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF＝15.0, Q1}*

```

Avviso:

• L'anno JCR non è scritto all'interno dell'annotazione IF.

• Non scrivere "2024 JCR IF".

• Non scrivere "JCR 2024".

• Viene conservato solo l'anno di pubblicazione.

• Se l'IF è 0.0, nullo, ha una sorgente instabile o una corrispondenza instabile, il numero non verrà visualizzato.

6.5 Gestione standard per gli errori di controllo IF

Non fare supposizioni.

Non utilizzare il nome della rivista per inserire i numeri.

Non utilizzare modelli di grandi dimensioni per memorizzare e compilare istruzioni IF.

In caso di fallimento sono consentiti solo tre stati:

```testo

*{IF=Verifica in corso}*

```

Utilizzato per:

• I risultati della ricerca sono vaghi.

Esistono diverse riviste simili.

• È stata trovata solo l'abbreviazione, ma non è stato possibile confermare il nome completo.

• L'IF (Indice di Fattore) fornito da fonti pubblicamente disponibili è discutibile.

```testo

*{IF=Non rilevato}*

```

Utilizzato per:

• L'interfaccia pubblica non ha restituito alcun risultato.

• La rivista non è indicizzata da SCI/JCR.

• Il nuovo numero non ha ancora un IF.

```testo

*{IF=Non verificabile pubblicamente}*

```

Utilizzato per:

• L'utente necessita di un JCR ufficiale, ma l'agente corrente non dispone delle autorizzazioni Clarivate/JCR.

7. Autovalutazione finale

Da verificare prima della spedizione:

• È opportuno rispondere prima alle domande principali dell'utente?

• Se distinguere tra prove dirette, prove indirette e assenza di prove dirette.

• Tutte le citazioni nel testo sono cliccabili?

• L'articolo contiene un elenco completo delle fonti bibliografiche?

• Ogni documento include un'etichetta IF (Input/Output) o un'etichetta che indica "in attesa di verifica/non rilevato"?

• Se il PMID/DOI/URL è cliccabile.

• Evita di sostituire i risultati complessivi sul tessuto con conclusioni relative a specifici tipi di cellule?

• Evita di sostituire l'attivazione/fosforilazione con un aumento dell'espressione totale?

• Indicare se si tratta di una pre-pubblicazione.

• Specifica i limiti della ricerca?

• Se non si basava sulla memoria o su supposizioni.

8. Pseudocodice riproducibile

Pitone

query = build_queries(user_question)

tutti_pmid = []

per la query nelle query:

pmids = ncbi_esearch(query, retmax=20, sort='relevance')

tutti_pmids.estend(pmids)

pmids = deduplicate_keep_order(all_pmids)

metadati = ncbi_esummary(pmids)

abstract = ncbi_efetch_abstract(pmids)

record = unisci_metadati_e_abstract(metadati, abstract)

record = tag_evidence(record, user_question)

record = record_classifica(record)

selezionati = select_top_records(records)

se è necessario_testo_completo:

per record in selected_key_records:

pmcid = idconv_pmid_to_pmcid(record.pmid)

se pmcid:

record.fulltext = fetch_bioc_or_pmc_xml(pmcid)

Per la registrazione nei selezionati:

journal_query = record.full_journal_name or record.journal_abbrev

if_result = lookup_if_public_iikx(journal_query)

se_risultato_fiducioso:

record.if_annotation = f'*{IF＝{if_result.if_value}，{if_result.quartile}｝*'

elif if_result.ambiguous:

record.if_annotation = '*{IF=In attesa di verifica}*'

altro:

record.if_annotation = '*{IF=Not Detected}*'

risposta = componi_risposta(

conclusione

gruppi di evidenza,

citazioni cliccabili nel corpo del testo,

elenco_di_riferimento_completo_con_if

)

```

9. Modello di consegna finale consigliato

```markdown

Insomma:

...

Livello di evidenza:

Prove dirette:

- ……[[1. **Rivista**, Anno]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

Prove indirette:

- …[[2. **Rivista**, Anno]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

Non sono state trovate prove dirette:

- ……

Riepilogo del meccanismo:

1. ……

2. ……

Limiti di ricerca:

Questa fase di ricerca ha coinvolto principalmente PubMed, PMC, BioC e bioRxiv; lo screening iniziale si è basato su metadati e abstract, e solo i documenti chiave sono stati sottoposti a verifica del testo completo. Le annotazioni dell'Impact Factor si basavano su fonti accessibili al pubblico; i documenti che non potevano essere abbinati con elevata affidabilità sono stati contrassegnati come in attesa di verifica o non rilevati.

Elenco completo delle informazioni bibliografiche:

1. Smith J et al., **Nome della rivista** (2021), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF＝X，Q1}*

2. Wang X et al., **Nome della rivista** (2022), [DOI: 10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx). *{IF=Da verificare}*

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